丹参酚酸的裂解(6):丹参素甲醚(Danshensu Methyl ester)

丹参素甲醚的裂解途径 此丹参素甲醚在文献中并没有给出确切的结构,根据断裂的碎片,我推测甲基接在苯环的3'-OH上。首先根据m/z 123可知,甲基一定连在苯环上,而不是成甲酯或与C2-OH成醚;其次,4'-OH可重排到C1'位,使苄基容易发生断裂;如果4'-OH被甲基取代,只能是苄位的H重排到C4‘位,增加了苄基位置C-C键的双键特性,难以断裂。故推测此化合物为3'-O-methyl-danshensu。自然界中的阿魏酸也是3-甲氧基,说明这种反应在植物体内是有一定特异性的。 丹参素甲醚的质谱图   下面是一个更详细的裂解途径解释: ===================================================== 化合物:Names from NCI| PubMed 分子量:212.2 分子式:C10H12O5 SMILES: O=C(O)C(O)CC1=CC(OC)=C(O)C=C1 InChIKey: SVYIZYRTOYHQRE-UHFFFAOYSA-N 参考文献:10.1002/rcm.2332 –EOF– 文章来自,微信号:MS4Fun,网站: msky.in,每天解析一个天然产物的质谱数据或分享自己在建模方面的心得。

丹参酚酸的裂解(5):原儿茶醛(Protocatechualdehyde)

原儿茶醛的裂解途径 我不确定这个原儿茶醛的质谱图是否正确,文献中提到是用标准品对照过的,暂时按现在的质谱图解析。在质谱图中的离子都是偶数,为自由基离子,这是因为4-OH丢失氢自由基的结果,该自由基可被苯环稳定,然后依次丢失CO和O。 原儿茶醛的二级质谱图 ===================================================== 化合物:Names from NCI| PubMed 分子量:138.1 分子式:C7H6O3 SMILES: O=CC1=CC(O)=C(O)C=C1 InChIKey: IBGBGRVKPALMCQ-UHFFFAOYSA-N 参考文献:10.1002/rcm.2332 –EOF– 文章来自,微信号:MS4Fun,网站: msky.in,每天解析一个天然产物的质谱数据或分享自己在建模方面的心得。

丹参酚酸的裂解(4):原儿茶酸(Protocatechuic acid)

原儿茶酸的裂解途径 原儿茶酸在(-)ESI-MS中仅看到一个丢失羧基的碎片离子,我们认为其是通过如上的过程丢失羧酸的,首先对位酚羟基上的氢重排到1-位,丢失CO2,最后分子内电荷重排,得到邻二酚羟基苯的负离子。 原儿茶酸的MS2质谱图 ===================================================== 化合物:Names from NCI| PubMed 分子量:154.1 分子式:C7H6O4 SMILES: OC(C1=CC(O)=C(O)C=C1)=O InChIKey: YQUVCSBJEUQKSH-UHFFFAOYSA-N 参考文献:10.1002/rcm.2332 –EOF– 文章来自,微信号:MS4Fun,网站: msky.in,每天解析一个天然产物的质谱数据或分享自己在建模方面的心得。

丹参酚酸的裂解(3):丹参素(Danshensu)

丹参素的裂解途径 丹参素在负离子模式下,主要发生C2-OH诱导的i裂解,或者丢失水以后,生成咖啡酸,然后丢失CO2。这些裂解的方式与我们前面介绍的大致类同,不再详述。 丹参素的二级质谱图 ===================================================== 化合物:Names from NCI| PubMed 分子量:198.2 分子式:C9H10O5 SMILES: O=C(O)C(O)CC1=CC(O)=C(O)C=C1 InChIKey: PAFLSMZLRSPALU-UHFFFAOYSA-N 参考文献:10.1002/rcm.2332 –EOF– 文章来自,微信号:MS4Fun,网站: msky.in,每天解析一个天然产物的质谱数据或分享自己在建模方面的心得。

丹参酚酸的裂解(2):同型原儿茶酸(homoprotocatechuic acid)

同型原儿茶酸的裂解途径 原文认为该化合物为2-羟基-3',4'-二羟基苯乙酮,我仔细看了其碎片,觉得原来的归属不合理。苯乙酮的结构很难丢失44生成m/z 123,因此我推测结构中含有羧基;m/z 109为二羟基苯的特征碎片,所以结构中很有可能含有邻二酚羟基结构;m/z 149为脱水的碎片,含有羧基就有可能。综上所述,我推测该化合物应改为同型原儿茶酸,可以较好的与质谱碎片吻合。 同型原儿茶酸的负离子质谱图 ===================================================== 化合物:Names from NCI| PubMed 分子量:168.1 分子式:C8H8O4 SMILES: OC(CC1=CC=C(O)C(O)=C1)=O InChIKey: CFFZDZCDUFSOFZ-UHFFFAOYSA-N 参考文献:10.1002/rcm.2332 –EOF– 文章来自,微信号:MS4Fun,网站: msky.in,每天解析一个天然产物的质谱数据或分享自己在建模方面的心得。

丹参酚酸的裂解(1):琥珀酸(Succinic acid)

琥珀酸的裂解途径 丹参的化学物质成分是当前研究最清楚的药材之一,里面主要有丹参酚酸和 丹参酮两大类成分,今天开始介绍的就是其中的酚酸类化合物。这类化合物的裂解比较简单,希望后面两周可以轻松一些。 经CID碰撞,琥珀酸在负离子模式下脱水、丢失二氧化碳生成m/z 99和73;脱水的碎片再丢失CO2生成m/z 55,m/z55我画出了两个可能的稳定结构,简单用Chem3D搭建了其三维模型,用Gamess计算了A和B两种构型的能量,发现B构型能量更低一些(-189.033018 Hartrees)。 琥珀酸的质谱图 ===================================================== 化合物:Succinic acid 分子量:118.1 分子式:C4H6O4 SMILES: O=C(O)CCC(O)=O InChIKey: KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N 参考文献:10.1002/rcm.2332 –EOF– 文章来自,微信号:MS4Fun,网站:msky.in,每天解析一个天然产物的质谱数据或分享自己在建模方面的心得。

甘草黄酮的裂解(15):欧甘草素B(Hispaglabridin B)

欧甘草素B的负离子裂解途径 欧甘草素B的正离子裂解途径 还是觉得这种有放射背景的图更好看一些,一切看心情吧。今天是甘草黄酮系列的最后一个化合物欧甘草素B,比前天的欧甘草素A多一个不饱和度。负离子中最高的为B1,3+离子m/z 201,这个质荷比是不是在好多甘草黄酮中都见过?光甘草定、4'-O-甲基光甘草定、欧甘草素A等化合物中都有m/z 201,前面我们认为它是C环2,3-断裂的产物,这里是否也是通过与前面同样的途径裂解的呢?我们在此处给出的离子的元素组成与前面所画碎片的元素组成一致,即便高分辨也不能区分到底是哪一种碎片结构!我觉得最好的办法是用稳定同位素替换A环或B环原子,然后再进行质谱分析,看看生成的离子是不是比m/z 201多固定的质量。可见,仍有很多细节需要深入研究才能确定,所以我前面或者今后所画的裂解途径图,仅是在现有数据的前提下,一种可能的推测,如果有更多的数据,就可能对推测结果进行修正。我在上面的图中加了一个Bug,希望大家一起来找Bug,从错误中不断提高自己解析质谱的能力。 正离子模式的裂解也遇到了两难,m/z 189可能为A1,3+, 也可能为B2,3+,这是由于化合物本身的对称结构造成的。在欧甘草素A中,由于B环多两个氢,所以分别生成了m/z 189和191,而欧甘草素B的两个途径生成的碎片正好元素组成一样,最有可能这个m/z 189是两种离子的混合物。m/z 147在3′-羟基-4′-O-甲基光甘草定的正离子质谱图中也有观测到,当时我们认为是m/z 215进一步失去异戊烯基而生成的,而这里我们认为是m/z 189丢失丙烯基的产物,到底哪种正确呢?需要对m/z 215和189进行MS3分析,知道了离子间的母子关系,也就可以作出最终判断了。 质谱解析的难点在于,我们不知道什么时候才能收集足够的信息而获得唯一合理解,由于各种客观条件的限制,我们仅能获得关于结构的部分信息,使质谱解析变得扑朔迷离,这也正式其魅力所在吧。昨晚,一个搞计算机的同学看我画理解途径图,马上领悟了其精髓:这个与拼图或猜字游戏非常相似,貌似就是按某些特定的规则凑质量数!是呀,在别人打游戏的时候,我也在玩自己的游戏。 欧甘草素B的正负离子质谱图   ===================================================== 化合物:Hispaglabridin B 分子量:390.5 分子式:C25H26O4 SMILES: CC1(C=CC2=C(O1)C=CC(=C2O)C3CC4=C(C5=C(C=C4)OC(C=C5)(C)C)OC3)C InChIKey: CJUFYKORDZSOLF-UHFFFAOYSA-N 参考文献:10.1002/rcm.4215 –EOF– 文章来自,微信号:MS4Fun,网站:msky.in,每天解析一个天然产物的质谱数据或分享自己在建模方面的心得。

甘草黄酮的裂解(14):3-羟基光甘草醇(3-hydroxy-glabrol)

3-羟基光甘草醇的正离子裂解途径 3-羟基光甘草醇的负离子裂解途径 3-羟基光甘草醇属于二氢黄酮醇,结构上仅比前面介绍的光甘草醇在3位多一个羟基,不用想也知它们的裂解途径很相似。在负离子模式下,C环开裂生成A1,3+(m/z 203),并进一步失去CO2得到m/z 159。理论上还应该看到电荷在B环的B1,3+离子(m/z 203),但它的质荷比正好与A1,3+相同,是不是我们观测到的m/z 203为这两种离子的混合物呢?这只有通过高分辨质谱去判断了,暂时不表。奇怪的是生成了m/z 221,这是在光甘草醇的质谱图中没有看到的(也有可能是作者遗漏了)。因为有以前的经验,很容易推测是四元内酯环加水的产物。这种质谱内的分子离子反应在含有羧基、内酯或裂解后可以生成这些结构的化合物中经常看到。我在硕士论文中设计了通过改变质谱环境中可能存在的不同中性分子,比如将水换成甲醇、乙醇等,就可以证明这类反应不虚。 正离子模式下,主要反应为丢失异戊烯单元(56Da),由于3-OH,可进一步脱一分子水,生成m/z 335。这种脱水反应是二氢黄酮醇的特征反应,一般黄酮内其他地方都没有这里容易脱水。我在裂解途径中喜欢把重排反应的每一步详细画出来,当然为了省事可以不画中间的过程,只画最后的产物,但这样读者就不容易看明白,知其然,不知其所以然。希望大家能明白我的苦心。今天,对裂解途径图又有些调整,中间结构间用虚箭头连接。3-羟基光甘草醇的结构中有两个异戊烯单元,究竟是那一个先掉呢?在光甘草醇的负离子裂解中,我画的是8-异戊烯基丢失,而在3-羟基光甘草醇中花的是3‘-异戊烯基丢失。那么光甘草醇有没有可能先丢失3’-异戊烯基呢?很有可能,如果有这个化合物的话,只需要对m/z 337进行MS3分析,就可以确定了。由于没有充分的数据,我只能也只有画一种可能的裂解途径。而今天的3-羟基光甘草醇有其他碎片的佐证(m/z 177, 229),只有先丢失3‘-异戊烯基才合理。 还没有从上周末的忙碌中恢复过来,显得很疲惫。突然觉得井底之蛙也是幸福的,过多的欲望才是痛苦的源头。 3-羟基光甘草醇的正负离子质谱图 ===================================================== 化合物:3-hydroxy-glabrol 分子量:408.5 分子式:C25H28O5 SMILES: C/C(C)=C/CC1=C(O)C=CC(C2C(O)C(C3=C(C(C/C=C(C)/C)=C(O)C=C3)O2)=O)=C1 InChIKey: LAQLCZKPJGMFRM-UHFFFAOYSA-N 参考文献:10.1002/rcm.4215 –EOF– 文章来自,微信号:MS4Fun,网站:msky.in,每天解析一个天然产物的质谱数据或分享自己在建模方面的心得。

甘草黄酮的裂解(13):欧甘草素A(Hispaglabridin A)

欧甘草素A的负离子裂解途径 欧甘草素A的正离子裂解途径 欧甘草素A比光甘草定的母核相同,仅在3‘位多一个异戊烯基,它的正负离子质谱图的主要裂解途径与光甘草定一致,相同的裂解途径可以参考以前的文章,此处不再详述。 欧甘草素A负离子质谱图中的m/z 203是光甘草定的质谱图中没有的,推测与3‘-异戊烯有关:首先4'-OH上的氢重排到1‘-位,发生C2-C3键断裂,C-1'上的H转移到C1上;其次,B环3'-异戊烯(相当于苄位)上的氢转移到C3,2’-OH上的氢转移到C1‘;最后,C3-C4键断裂,C1'-H转移到C4,生成m/z 203。m/z 189为电荷在B环上,然后C3-C4断裂的结果。 欧甘草素A在正离子模式中,主要发生异戊烯丢失,A环1,3开裂和A环2,3开裂的反应,与光甘草定一致,具体看上面的裂解途径图。 欧甘草素的二级质谱图 今天本来是大家心情很好的一天,忙活了两天,终于可以放松一下了。只是在沙田吃甜品的时候,我们一个男同学侧身给上菜的Waiter让位时,不小心碰到了隔壁的一位像猪一样的大妈(也有可能是大叔)。我们那位同学马上说了一声“对不起”,没想到那个不知性别的、猪一样的东西竟然用粤语说“你说的什么,不要给我说普通话,给我说粤语”态度及其恶略,我们一度怀疑遇到了精神病。我们没有与它计较,但心情都被搞坏了。哎,低素质的人哪里都有呀。 ===================================================== 化合物:Hispaglabridin A 分子量:392.5 分子式:C25H28O4 SMILES: C/C(C)=C\CC1=C(O)C=CC(2CC3=C(OC2)C4=C(OC(C)(C)C=C4)C=C3)=C1O InChIKey: HZHXMXSXYQCAIG-KRWDZBQOSA-N 参考文献:10.1002/rcm.4215 –EOF– 文章来自,微信号:MS4Fun,网站:msky.in,每天解析一个天然产物的质谱数据或分享自己在建模方面的心得。

甘草黄酮的裂解(12):4′-O-甲基光甘草定(4′-O-methylglabridin)

4'-O-甲基光甘草定的负离子裂解途径 4'-O-甲基光甘草定的正离子裂解途径 新版ChemDraw终于支持元素颜色标记了,同时调整了一下线条的粗细和背景,现在看起来自我感觉很不错,非常像ChemWriter的style。4'-O-甲基光甘草定仅比昨天的化合物少了一个OH,它们的裂解途径几乎完成一样,所以今天可以偷懒了,详细解释参看昨天的文章。 4'-O-甲基光甘草定的质谱图 ===================================================== 化合物:4′-O-methylglabridin 分子量:338.4 分子式:C21H22O4 SMILES: CC1(C)C=CC2=C(C=CC3=C2OC(C4=C(O)C=C(OC)C=C4)C3)O1 InChIKey: ZZAIPFIGEGQNHP-CQSZACIVSA-N 参考文献:10.1002/rcm.4215 –EOF– 文章来自,微信号:MS4Fun,网站:msky.in,每天解析一个天然产物的质谱数据或分享自己在建模方面的心得。