一个用Gaussian计算溶剂中ECD光谱的方法来确定化合物绝对构型的实例
Yufeng Zhang
本文的例子是我们在研究鬼箭羽时发现的一个新化合物，当时其绝对构型采用经验规则与已知绝对构型的进行比较来确定的，发表在Natural Product Research上。后来，我们采用量化计算的方式，同样的确定了该化合物的绝对构型，下面详细的笔记，与诸位分享。Gaussian模拟溶剂下的ECD光谱 该化合物的英文名我们定为catechin lactone A (CLA)，其化学结构和甲醇中实测CD光谱如下： CLA的结构和CD光谱(甲醇) CLA的2，3位为手性中心，通过它们在氢谱中的耦合常数，可知2,3位的两个氢处于对位，因此CLA可能为(2R,3S)和(2S,3R)两种绝对构型。下面详细说明具体的步骤： 1. 首先在gaussview中将构建CLA的3D分子模型，并对其结构进行优化。 这个化合物有两个手性中心，分别为图中箭头所指的位置。事先已经得知OH和Ar的朝向相反，所以若连接Ar的手性碳为S构型，则连接OH的手性碳为R，称为情况1.若连接Ar的手性碳为R构型，则连接OH的手性碳为S构型，称为情况2. 在情况1下，构建的输入文件如下： %nprocshared=16 %mem=32GB %chk=/home/xs/yjh/cdtry2-1C.chk # opt freq b3lyp/6-31g(d) scrf=(solvent=methanol) 0 1 C -5.55628238 -1.31201768 0.41502838 C -5.49337448 -2.68989041 …