Snoopy是谁的模型?模型是对事物本质的逼近,有时我们宁愿选择不那么逼近真实,因为这样我们才能更不受世俗约束的表达自己的真实本质。

Snoopy是谁的模型?模型是对事物本质的逼近,有时我们宁愿选择不那么逼近真实,因为这样我们才能更不受世俗约束的表达自己的真实本质。

​        在高楼大厦林立的繁华城市中,一只小狗躺在自己的屋顶上,仰望天空,陪伴它的是一只忘记了季节的小鸟“糊涂塔克”。它幻想开飞机,开火箭,当超人,它从不担心是否需要考飞机驾照,是否要学航天知识。。。。。。这就是Snoopy!

​        我不知道为什么会选择药学这个专业,也不知道为什么读了硕士、博士、博士后。生活所迫?也许吧。那时候读书是唯一能让我生活不太依赖家人的方法,不用交 学费,还有生活补助。但内心那种冲动这么多年来一直与现实抗争着:本科时,我着迷QBasic的图形编程,泡在东大的计算机中心,忘记了时间;硕士时,我 迷上了汇编语言,抱着看雪的加密与解密在不能站直身体的春运列车上看得忘记一切;博士时,我学习了matlab, C++, perl,并用perl开发了一个专业网站,稍有盈利;博后时,我迷上了建模,把WinNonLin用的纯熟(有点吹牛啊),但我很少用它解决药学内的问 题(不务正业),如果有人让我帮忙分析药动数据,我建议他们还是去用3P87或DAS之类的软件去算吧。但是如果你问的是WinNonLin从没有人用过 的应用,我会比较感兴趣, 比如有个博士生让我模拟几个中药成分的化学反应动力学,或者如何解决有损失采样造成的系统偏差,或者养殖鱼苗中给药后药物多长时间可以清除等等,我会比较感兴趣。这就是有点叛逆的我吧!

​        昨天我把放下好久的NONMEM,WFN,XPOSE又配置了起来,因为这就是我现在的工作!这是一个结束,也是一个新的开始。

​        分享一下自己在08年研究NONMEN的时候写的笔记,正因为有了这个,我很快就恢复了建模环境:

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用G95编译NONMEM6
​        NONMEM6的源码可以用Compaq Visual Fortran 6(CVF)直接编译,没有问题,若是用其他编译器,比如G95,就需要对源代码稍微改动一下,因为不同的编译器对一些命令的使用有区别。
​        G95是免费的Fortran编译器,安装后只有十几兆,在网上很易找到并下载。而CVF的安装文件近600兆,很难在网上找到下载,并且安装后,占硬盘空间也很大,至少200多兆。因此使用精巧、免费的G95编译器进行编译具有很实际的意义。
​        整个编译的过程可以参考NONMEM6的CDSETUP6.BAT文件,至少稍微修改就可以对NONMEM目录中的*.for进行编译,G95编译后的文件后缀为*.o,而CVF编译的后缀为*.obj。我修改后的setupG95.bat如下(注意,先删除所有目录中的*.obj,以及nonmem.lib,并删除run目录):

1. 运行setupG95.bat前,需要将根目录下MAKEG95BAT中的第45和48行中的“.obj”改为“.o”;

2. NM\FLU.for中的第9行“CALL COMMITQQ(I)”,改为“CALL    FLUSH(I)”,否则编译后运行会出现错误“c:\nmvi1\NM\nonmem.lib(FLU.o):FLU.for:(.text+0xa): undefined reference to `commitqq_’    ”;

3. NM\BLKDAT.for中的第28行中的’con’改为’CONOUT$ ‘;

​        上面三步修改好以后,并且NM, PR, TL,  TR中仅含有*.for文件,那么就可以运行setupG95.bat了,该文件放在程序根目录中。

 

​        系统重装时,备份nmvi和g95目录,系统装好以后,恢复原来的目录(C:\nmvi, C:\g95),将“C:\g95\bin”加入PATH,“C:\g95\lib\gcc-lib\i686-pc-mingw32\4.0.4;C:\g95\lib”加入 LIBRARY_PATH
​        在nmvi的run目录中运行:nmfe6 control5 report5.txt,测试是否正常运行。若有必要,运行setupg95.bat,重新编译*.for文件。

 

配置Wings for NONMEM

1. 下载http://wfn.sourceforge.net/wfn616.exe,解压到:C:\nmvi\wfn6
2. 拷贝wfn.txt为wfn.bat,修改里面的:set F77HOME=D:\g95
set F77VER=g95
3. 将C:\nmvi\nm目录中的.o后缀的文件都改为.obj.
4. 建立到wfn.bat的快捷方式,起始位置为自己希望的位置,

比如“C:\nmvi\wfn6\run”
5. 点击wfn快捷,输入:nmgo theopd

 

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文章来自[MS: 质谱与建模],微信号:MS4Fun,不定期发布自己在质谱应用和建模&模拟方面遇到的一些有趣的事情,欢迎分享与推荐。

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