紫草酸B分子中有两个羧基,均可与甲醇缩合成甲酯,一个为9″-位,一个为9″‘-位。这两个异构体的质谱图中离子的种类除一个离子外基本相同,只是丢失两个丹参素单元以后的离子的丰度有很大区别。