基于pybel的在线化合物属性计算程序

在每天的裂解途径解析的时候,最后都要给出对应的化合物的结构信息,比如分子量、分子式等,每个化合物都要放到ChemDraw中去计算,然后再拷贝回来,效率低下,还比较容易出错。一直想写个在线的计算程序,输入SMILES,然后输出想要的结构性质和结构式,今天终于得空写好。思路如下:使用pybel的分子转化和属性计算功能,结合NCI的CIR和PubMed Compound,将这些综合起来,基本可以满足我们的要求。CIR的输入为SMILES,而PubMed的输入为InChiKey,所以需要用pybel将SMILES转化为InChiKey。具体代码如下: # -*- coding: utf-8 -*- import sys import string import cgi import pybel import urllib import openbabel as ob print "" print """ <!DOCTYPE html PUBLIC \"-//W3C//DTD XHTML…