在每天的裂解途径解析的时候，最后都要给出对应的化合物的结构信息，比如分子量、分子式等，每个化合物都要放到ChemDraw中去计算，然后再拷贝回来，效率低下，还比较容易出错。一直想写个在线的计算程序，输入SMILES，然后输出想要的结构性质和结构式，今天终于得空写好。思路如下：使用pybel的分子转化和属性计算功能，结合NCI的CIR和PubMed Compound，将这些综合起来，基本可以满足我们的要求。CIR的输入为SMILES，而PubMed的输入为InChiKey，所以需要用pybel将SMILES转化为InChiKey。具体代码如下：
# -*- coding: utf-8 -*-
import sys
import string
import cgi
import pybel
import urllib
import openbabel as ob
print ""
print """
<!DOCTYPE html PUBLIC \"-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN\" \"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd\">
<html xmlns=\"http://www.w3.org/1999/xhtml\">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
<title>Chemical Properties from smiles</title></head><body>
"""
#读取web传递参数
form=cgi.FieldStorage()
try:
smi=form["smi"].value
except:
print "Please provide a smiles string!"
sys.exit()
conv = ob.OBConversion()
conv.SetInAndOutFormats("smi", "inchi")
conv.SetOptions("K", conv.OUTOPTIONS)
mol = ob.OBMol()
conv.ReadString(mol, smi)
inchikey = conv.WriteString(mol)
mol=pybel.readstring('smi',smi)
print "=====================================================<br>"
print "<img src='https://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/%s/image'><br>"%smi
print "化合物：<a href='http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/%s/names'>Names from NCI</a>|"%smi
print "<a href='http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?cmd=search&db=pccompound&term=\"%s\"[InChIKey]'>PubMed</a><br>"%inchikey
print "分子量：%.1f<br>"%mol.molwt
print "分子式：%s<br>"%mol.formula
print "SMILES: %s<br>"%smi
print "InChIKey: %s<br>"%inchikey
print "</body></html>"
目前实现的功能还很粗糙，以后可以在此思路上增加美化和计算更多的属性。
网址：Click Me
使用方法：替换上面地址后面的smi参数为你需要计算的化合物的smiles即可。
–EOF–
文章来自[MS: 质谱与建模]，微信号：MS4Fun，网站：msky.in，每天解析一个天然产物的质谱数据或分享自己在建模方面的心得。