质谱(Mass Spectrometry, MS)与药学研究 (3)
我为技术神癫狂,谁知技术害我伤! 我有一个优点,那就是专一;我有一个缺点,就是太过专一。这个专一与“用情”无关,只是我对技术的一种崇拜状态吧。这种状态让我可以轻易学会别人不敢涉足的一些东西,从而越陷越深。曾几何时,当别人在与女友逛街,或者在游戏中苦战的时候,我却在与我的所谓技术苦恋。在丁香园骨干版有个老帖,里面有@天天 拍的一个照片,从这里可以窥见十年前的我是多么无趣的一个人,但那正是我曾经的乐趣所在。
Some thoughts on Mass Spectrometry and Modeling & Simulation
我为技术神癫狂,谁知技术害我伤! 我有一个优点,那就是专一;我有一个缺点,就是太过专一。这个专一与“用情”无关,只是我对技术的一种崇拜状态吧。这种状态让我可以轻易学会别人不敢涉足的一些东西,从而越陷越深。曾几何时,当别人在与女友逛街,或者在游戏中苦战的时候,我却在与我的所谓技术苦恋。在丁香园骨干版有个老帖,里面有@天天 拍的一个照片,从这里可以窥见十年前的我是多么无趣的一个人,但那正是我曾经的乐趣所在。
投机取巧解核磁,暗埋玄机陷深渊 上次说到我被钟老师发配到核磁室学习核磁,后来才逐渐明白这是一步棋,暗含各种权利斗争。总之,谁要把握了仪器,谁就有了发言权。举个简单的例子,我看你不顺眼,你的样品我就押后做,你不求我十次八次,别想拿到结果。你要着急,可以去其他单位做呀。只是当时单纯的自己没有觉察罢了,每天也就如上班一样,去那里报到。一开始也没有事情可做,就是站在旁边看,有人送样的话,就帮忙登记一下,或者帮他们把样品加上氘代试剂,天气冷的话,用电吹风吹吹结冰的DMSO-d6,其实就是一个打杂的。
首先,我绝没有意思想写“质谱在药学研究中的应用”这样一篇综述,只是我要写的内容恰恰与质谱和药学沾点关系而已。为什么要写这些呢?也许是想给后来人一些借鉴。当然绝不是非常成功的经验,也不是很失败的经验,更像一些默默无闻的大多数吧。如果您仅对如何成为明星科学家感兴趣,可能我的经历不适合你看;我的经历更适合想混日子而已的一般人。
最近要写关于Caco-2的数据分析的一篇文章,检索到一篇关于Caco-2身世的文章,不敢独享。众所周知,我们所用的绝大多数药物为口服药物,而吸收是所有口服药物开发最重要的一环。在上世纪八十年代的时候,主要有两种动物模型可用于药物的吸收评价,一种是in situ的在体肠灌流,另一种是in vitro的离体肠段。这两种模型都有一些缺点,比如非人源,操作复杂,不能重复使用,难以规模化筛选,动物伦理等。 罗纳德教授(Ronald T. Borchardt)本是一位药物化学家,就是那种搞合成的,与细胞这些生物学内容并不搭噶。在进行了12年的药化研究以后,他被委任为堪萨斯大学药学院药化系的系主任,兼任Solon E. Summerfield杰出教授。罗纳德教授当时就意识到了生物技术、细胞和分子生物药剂学的重要性,他想拓展自己的研究领域。当时的一些制药企业,逐渐意识到ADME性质对新药开发的重要性,在考虑化合物对药效靶点的亲和性和专属性时,同时考虑其ADME性质。 参考文献:The AAPS Journal, Vol. 13, No. 3, September 2011 DOI: 10.1208/s12248-011-9283-8
前面解析过的咖啡酸甲酯的质谱图看着很别扭,而本文中的质谱数据却比较好看。在二级质谱图中,推测咖啡酸甲酯在环境中水的作用下,脱去甲基,生成咖啡酸m/z 179,其后裂解应与咖啡酸相同,但是与之间的结果比较后,发现此处的m/z 179可以生成m/z 161,但咖啡酸的二级质谱图中却没有m/z 161,点解呢?
丹酚酸F为咖啡酸的二聚体,主要在上图所示的位置发生断裂,脱去羧基,或者3,4-二羟基苯乙烯。
丹酚酸I的结构中有一咖啡酸单元接在另一个咖啡酸的苯环的对位,若是接在这个位置,则很难失去丹参素单元,因此二级质谱图中生成m/z 339是不合理的。
菊苣酸是2,3-二羟基琥珀酸与两分子咖啡酸成酯的衍生物,结构中的内酯键是主要的断裂位点,如上图所示。
该化合物比昨天的化合物多一个甲基而已,其MS2中有生成m/z 113,比较合理,推测多半是作者把数据拷贝错了。
越古老的东西,我们越相信它有灵性,如若没有灵性,怎可以在岁月的长河中生存下来呢!有些事情我宁愿相信它的存在,即便没有任何证据,比如穿越到古代。