Transit Compartment Model vs LAG Model (转移室模型与时滞模型)
Yufeng Zhang
有些口服药物在到达吸收部位前，在消化道内转运需要一段时间，这在PK曲线上，就会看到血药浓度在某某min以后才会开始上升。传统的处理方法（也是现在 主要药动学软件都内置的）是增加一个时滞参数TLAG。加上TLAG以后一般会得到较好的拟合结果，不过，从理论上分析，药物不能在TLAG以后，突然开 始吸收入血，肯定有个变化的过程。见下图的模拟，虚线是LAG模型，实线是TRANSIT模型：
Modeling & Simulation
一个用Gaussian计算溶剂中ECD光谱的方法来确定化合物绝对构型的实例
本文的例子是我们在研究鬼箭羽时发现的一个新化合物，当时其绝对构型采用经验规则与已知绝对构型的进行比较来确定的，发表在Natural Product Research上。后来，我们采用量化计算的方式，同样的确定了该化合物的绝对构型，下面详细的笔记，与诸位分享。
用NONMEM实现IV和IG数据的同时分析
学过药动的人都知道生物利用度（F）是一个非常重要的参数，其反映了机体对药物的利用程度。Wikipedia上对生物利用度（Absolute bioavailability）的解释为： In pharmacology, in order to determine absolute bioavailability of a drug, a pharmacokinetic study must be done to obtain a plasma drug concentration vs time plot for the…
基于pybel的在线化合物属性计算程序
在每天的裂解途径解析的时候，最后都要给出对应的化合物的结构信息，比如分子量、分子式等，每个化合物都要放到ChemDraw中去计算，然后再拷贝回来，效率低下，还比较容易出错。一直想写个在线的计算程序，输入SMILES，然后输出想要的结构性质和结构式，今天终于得空写好。
非线性拟合的一个前提条件：观测变量等方差分布
当我想好这个题目的时候，我顺便放狗搜了一下，找到几个非常对我胃口的博客（数据科学与R语言，Yihui Xie）。在看其中文档的过程中，我曾有短暂的失落感，“我在统计方面的知识太逊了”，不过我马上意识到自己又陷入了完美主义的坑，一个人怎能那方面都那么出色呢？在统计领域，我只要知道有哪些流行技术，哪些对我现在的研究课题有帮助，或者将来有帮助即可，只要分类整理入自己的笔记即可，完全可以等到需要的时候再去学。我自己喜欢的专业才是最根本的，这个是核心，其他只是点缀而已。我的目标是，“比药学家懂统计，比统计学家懂药学”！
酶动力学的PML模型
前面我们用Excel和Matlab实现了酶动力学的参数估算方法，今天我们介绍使用药动建模工具phoenix来进行酶动力学分析。正如我们前面提到的，phoenix不支持隐式方程的求参，所以需要对数据进行一下变通，通过观察IMM方程，我们发现，虽然C0和C1之间不能用显示方程表示，但是C1和t之间的关系却可以写成显示方程，一系列的C1和对应的反应时间t我们都知道，C0可以类比于PK中的给药剂量。
隐式方程的matlab实现：酶动力学（Integrated Michaelis-Menten Equation）的无偏参数求解
Google搜索了一下，发现隐式方程的求参问题有不少解决方案，matlab, R都可以实现。基本思路与我用Excel求参的方法一样，先编写一个函数来实现隐式方程的显示化，
酶动力学数据分析工具：EnzySolver 1.0
前段时间进行体内外相关性建模，遇到需用体外酶动力学参数预测体内的消除程度，在与做试验的同学讨论的时候，发现大家应用米曼方程并不注意前提条件，比如需控制反应时间或起始浓度，使反应结束时，底物的消除不要超过10%，否则计算的反应速率就与真正的起始速率有很大偏差，用这样获得的有偏差的起始速率与起始浓度求算Km和Vmax，必定难以获得真实的酶动力学参数。
你就是自己的建模师
在高楼大厦林立的繁华城市中，一只小狗躺在自己的屋顶上，仰望天空，陪伴它的是一只忘记了季节的小鸟“糊涂塔克”。它幻想开飞机，开火箭，当超人，它从不担心是否需要考飞机驾照，是否要学航天知识。。。。。。这就是Snoopy!
Phoenix实现“男生追女生的数学模型”
Phoenix是Pharsigh开发的药动建模平台，是制药界的“Gold Standard”。Phoenix不仅可以研究药动学问题，对于“男追女”的问题研究也是神器一枚。且看我们如何用它来实现获得了2013年菠萝科学奖的论文（“男生追女生的数学模型”）中的微分模型。