甘草黄酮的裂解(6)：芒柄花素(Formononetin)
Yufeng Zhang
今天把裂解途径的图稍微美化了一下，看起来更舒服一些，负离子模式的裂解用绿色背景，正离子模式的裂解用黄色背景。芒柄花素属于异黄酮，结构很稳定，需要较高的能量才可以碎裂。
August 2013
甘草黄酮的裂解(5)：甘草酸(Glycyrrhizic Acid)
甘草酸虽不属于黄酮，但它是甘草中一个很重要的成分，我们顺便也分析下它的裂解途径。
甘草黄酮的裂解(4)：甘草查儿酮B(Licochalcone B)
今天这个化合物属于查儿酮，仅一个苷元，没有连接糖，看似简单，其实非常复杂，越是这种结构比较单一的，可能解析起来越难。
甘草黄酮的裂解(3)：甘草苷(Liquiritin)
甘草苷在正负离子模式下均发生糖苷键断裂，断裂的类型和丢失的中性碎片完全一样，见上图。这种断裂方式在ESI质谱中最常见，我在硕士论文中将这类反应称为“1,3-断裂”，即发生断裂的键为第1个（起始端）和第3个根键（末端），同时两端的基团连接起来，中间的第2根键形成双键（形成一个新键）。
甘草黄酮的裂解(2)：7-O-(beta-D-apiofuranosyl-(1-2)-beta-D-glucosyl)-Liquiritigenin
今天化合物的正负离子质谱图与昨天的第一个化合物非常接近，只是离子的丰度有些差别，它们为一对同分异构体。我感觉比较奇怪的是，这两个化合物都没有看到C环开裂的产物，难道是仪器或碰撞能量的缘故？若C环开环形成查儿酮，那么其稳定性自然会有较大提高，看不到母核碎片倒可以理解。
非线性拟合的一个前提条件：观测变量等方差分布
当我想好这个题目的时候，我顺便放狗搜了一下，找到几个非常对我胃口的博客（数据科学与R语言，Yihui Xie）。在看其中文档的过程中，我曾有短暂的失落感，“我在统计方面的知识太逊了”，不过我马上意识到自己又陷入了完美主义的坑，一个人怎能那方面都那么出色呢？在统计领域，我只要知道有哪些流行技术，哪些对我现在的研究课题有帮助，或者将来有帮助即可，只要分类整理入自己的笔记即可，完全可以等到需要的时候再去学。我自己喜欢的专业才是最根本的，这个是核心，其他只是点缀而已。我的目标是，“比药学家懂统计，比统计学家懂药学”！
甘草黄酮的裂解(1)：4‘-O-(beta-D-apiofuranosyl-(1-2)-beta-D-glucosyl)-Liquiritigenin
从今天起，我们将介绍一系列甘草黄酮的裂解途径。甘草黄酮的主要类型有二氢黄酮、查儿酮、异黄酮和二氢异黄酮等，今天第一个化合物属于二氢黄酮，为甘草苷的葡萄糖的二位上又连了一个洋芹糖，不知道这样的双糖是否有个名字。
酶动力学的PML模型
前面我们用Excel和Matlab实现了酶动力学的参数估算方法，今天我们介绍使用药动建模工具phoenix来进行酶动力学分析。正如我们前面提到的，phoenix不支持隐式方程的求参，所以需要对数据进行一下变通，通过观察IMM方程，我们发现，虽然C0和C1之间不能用显示方程表示，但是C1和t之间的关系却可以写成显示方程，一系列的C1和对应的反应时间t我们都知道，C0可以类比于PK中的给药剂量。
隐式方程的matlab实现：酶动力学（Integrated Michaelis-Menten Equation）的无偏参数求解
Google搜索了一下，发现隐式方程的求参问题有不少解决方案，matlab, R都可以实现。基本思路与我用Excel求参的方法一样，先编写一个函数来实现隐式方程的显示化，
酶动力学数据分析工具：EnzySolver 1.0
前段时间进行体内外相关性建模，遇到需用体外酶动力学参数预测体内的消除程度，在与做试验的同学讨论的时候，发现大家应用米曼方程并不注意前提条件，比如需控制反应时间或起始浓度，使反应结束时，底物的消除不要超过10%，否则计算的反应速率就与真正的起始速率有很大偏差，用这样获得的有偏差的起始速率与起始浓度求算Km和Vmax，必定难以获得真实的酶动力学参数。