隐式方程的matlab实现:酶动力学(Integrated Michaelis-Menten Equation)的无偏参数求解
Google搜索了一下,发现隐式方程的求参问题有不少解决方案,matlab, R都可以实现。基本思路与我用Excel求参的方法一样,先编写一个函数来实现隐式方程的显示化,
Some thoughts on Mass Spectrometry and Modeling & Simulation
Google搜索了一下,发现隐式方程的求参问题有不少解决方案,matlab, R都可以实现。基本思路与我用Excel求参的方法一样,先编写一个函数来实现隐式方程的显示化,
前段时间进行体内外相关性建模,遇到需用体外酶动力学参数预测体内的消除程度,在与做试验的同学讨论的时候,发现大家应用米曼方程并不注意前提条件,比如需控制反应时间或起始浓度,使反应结束时,底物的消除不要超过10%,否则计算的反应速率就与真正的起始速率有很大偏差,用这样获得的有偏差的起始速率与起始浓度求算Km和Vmax,必定难以获得真实的酶动力学参数。
今天是苯乙基色原酮系列的最后一个化合物,晚上还有重要的任务,需尽快完成今天的更新。
QD-22的结构仅比昨天的QD-11少一个甲基,所以它们的MS2看上去非常相似,基峰均为m/z 161。由于B环上的甲氧基变成成了羟基,对应的含B环碎片减少14Da,即m/z 123。比较奇怪的是QD-22多了一个碎片m/z 107。
QD-11的羟基在C12上,其alpha位容易发生诱导断裂,这是由于氧原子吸电子效应造成的。这种直接的效应要大于羟基在B环上形成大共轭对C11-C12键的影响,在其MS2中可以看到m/z 161为基峰。
今天的化合物与昨天化合物的质谱图几乎完全相同,因为B环上的羟基在邻位或对位,由于邻对位效应,C11-C12断裂以后生成的 结构非常稳定,形成一个大共轭体系,一般这样的反应路径都占绝对优势。
今天去了一趟澳门,大三巴山头的风景不错,空气也很好,真想懒懒的在那里看一下午书,但同行的两位只想早点回家,没有办法。我对澳门比较失望的是其“美食”,吃了两个版本的猪扒包,都难以下咽,还尝试了胡椒饼,
解析到今天这个结构,可以确认我们前面的解析是没有大问题的。这里主要涉及同系列化合物的共有裂解途径问题,这要 求我们在解析的时候,不要孤立的去看一个化合物,而是将结构类似的系列化合物放在一起解析,它们呈现的共同裂解途径经可以互相印证。
今天的第4个结构中除了C11-C12断裂的碎片外,还有与化合物2相同的碎片m/z 121。前天该碎片被归属为C2-C11断裂生成的含B环碎片,今天综合化合物4来看,前面的归属有待商榷,
今天是苯乙基色原酮系列的第3个化合物,看过前两天的解析,这个就顺理成章了,根本不需要过多解释。